Wieś, w formie w jakiej widzimy ją do dziś, powstała w roku 1293, kiedy to biskup poznański Jan II Gerbicz podpisał dokument lokowania wsi na prawie niemieckim. Wtedy to połączono należące do biskupa Zimnowo z rycerską wsią Wojciecha Okazańca Domachowem, zaś Wojciech został pierwszym sołtysem odpowiedzialnym za urządzenie nowej wsi i osadzenie w niej kolonistów. Chłopi na trzy lata zwolnieni zostali od wszelkich danin, potem zaś oddawać mieli rocznie na rzecz biskupa po 12 korcy zboża (czyli ok. 1,5 tony) oraz po 1 wiardunku w pieniądzu (ok. 49 gram srebra). Danina ta nie przekraczała wówczas 10% dochodu gospodarstwa, była więc bardzo korzystna dla płacących kmieci.
Wieś ulokowana została na planie owalnicy. Ten charakterystyczny średniowieczny układ ruralistyczny widoczny jest wyraźnie w układzie miejscowości do dnia dzisiejszego.
Źródła historyczne wspominają o istnieniu w Domachowie wójtostwa na przełomie wieku XVI/XVII. W roku 1618 posiadający je szlachcic, Adam Korzbok Kamiński, miał zamienić je na wójtostwo w Wielichowie z Zygmuntem Bieleckim. Więcej wzmianek o tym wójtostwie w źródłach nie ma.
Po rozbiorze w roku 1793 dobra biskupie zostały skonfiskowane biskupom przez rząd pruski. Domachowo weszło w skład tzw. ekonomii krobskiej. W 1829 roku rozpoczął się proces uwłaszczenia domachowskich chłopów.
Z 1830 roku pochodzi wzmianka ówczesnego proboszcza Domachowa, ks. Wiktoryna Żarlińskiego, o pochowaniu kości, o których nic bardziej szczegółowego nie wspomina, na cmentarzu przy kościele. Pochowane zostały „idąc ze wsi za wrotami wielkimi na cmentarz, na lewą rękę, za lipą niedaleko starej kostnicy”. Na owe pochowanie kości środki łożyli sam proboszcz, a także właściciel karczmy Jan Nowak i ówczesny sołtys Domachowa Mateusz Nowak. Także w 1830 roku założony został drugi cmentarz w Domachowie położony przy wylocie ze wsi na Rębowo, na terenie obecnej świetlicy wiejskiej. Jako pierwszy pochowany został na nim Franciszek Celka ze Starej Krobi. Cmentarz ów poświęcony został 29 listopada 1830 roku przez ks. dziekana Polcyna.
Sołtysi otrzymali wolną karczmę, jatkę rzeźnicką, prawo budowy młyna oraz prawo do polowania na ptactwo i zające. Z dochodów z karczmy płacić mieli co roku na rzecz miejscowego kościoła funt wosku na świece. Ponadto Wojciech i po nim kolejni sołtysi, był to bowiem wówczas urząd dziedziczny, zyskiwali prawo patronatu nad kościołem co wiązało się z prezentowaniem biskupowi kandydatów na kolejnych proboszczów w Domachowie.
Pierwsza pisana wzmianka o kościele w Domachowie pojawia się pod rokiem 1401, urzędującym wówczas plebanem był ksiądz Bodzęta.
Sołectwo domachowskie wraz z prawem patronatu nad kościołem w 1556 roku wykupione zostało przez biskupa Andrzeja Czarnkowskiego od braci Jana, Macieja i Stanisława Chlebowskich, synów szlachcica Jerzego. W tym czasie zapewne w miejsce dziedzicznego sołtysa wprowadzony został do zarządzania wsią urzędnik powoływany przez biskupa – wójt. W 1618 roku wójtem w Domachowie był szlachcic Adam Korzbok Kamiński, nazwiska innych wójtów nie zachowały się. Dawny majątek sołecki w 1568 roku biskup Adam Konarski podarował w dożywocie swojemu sekretarzowi szlachcicowi Jakubowi Brzeźnickiemu. W 1642 roku natomiast dobra sołeckie przekształcone zostały w biskupi folwark.
Od roku 1586 przy kościele zaczął funkcjonować szpital, który istniał aż do XIX wieku. W tym samym roku wzmiankowna jest nowo wybudowana kaplica p.w. św. Krzyża i św. Andrzeja ufundowana przez dziedzica Krajewic Andrzeja Krajewskiego. Z 1610 roku pochodzi pierwsza wzmianka o istniejącej przy kościele szkole.
W 1789 roku źródła odnotowują istnienie w Domachowie 23 dymów, w tym folwarku, trzema zabudowaniami plebańskimi, szesnastoma chałupami chłopskimi, jedną chałupą bez gruntu, chałupą rzemieślnika oraz karczmą. W tym czasie funkcjonował także we wsi browar.
Po rozbiorze w roku 1793 dobra biskupie zostały skonfiskowane biskupom przez rząd pruski. Domachowo weszło w skład tzw. ekonomii krobskiej. W 1829 roku rozpoczął się proces uwłaszczenia domachowskich chłopów.
Z 1830 roku pochodzi wzmianka ówczesnego proboszcza Domachowa, ks. Wiktoryna Żarlińskiego, o pochowaniu kości, o których nic bardziej szczegółowego nie wspomina, na cmentarzu przy kościele. Pochowane zostały „idąc ze wsi za wrotami wielkimi na cmentarz, na lewą rękę, za lipą niedaleko starej kostnicy”. Na owe pochowanie kości środki łożyli sam proboszcz, a także właściciel karczmy Jan Nowak i ówczesny sołtys Domachowa Mateusz Nowak. Także w 1830 roku założony został drugi cmentarz w Domachowie położony przy wylocie ze wsi na Rębowo, na terenie obecnej świetlicy wiejskiej. Jako pierwszy pochowany został na nim Franciszek Celka ze Starej Krobi. Cmentarz ów poświęcony został 29 listopada 1830 roku przez ks. dziekana Polcyna.
Mieszkańcy Domachowa brali czynny udział w walkach narodowowyzwoleńczych. W powstaniu listopadowym w 1830 roku uczestniczyli: organista Wincenty Pilachowski, służący proboszcza Żarlińskiego Franciszek Robaszkiewicz oraz Andrzej Nowacki. W powstaniu wielkopolskim z 1848 roku walczyli Andrzej Bugzel, Łukasz Mendyka oraz Franciszek Mendyka, którzy dostali się do niewoli po bitwie pod Książem.
Po likwidacji ekonomii krobskiej folwark domachowski sprzedany został w ręce prywatne. Od 1867 roku aż do swojej śmierci w 1885 właścicielem był Niemiec Wilhelm Weikert, potem do 1892 roku jego dzieci, a następnie kolejny niemiec Max von Tyszke. W 1903 roku folwark wykupiony został przez Polaka Jana Grześkowiaka. Dwa lata część większa część ziem rozparcelowana została pomiędzy okolicznych gospodarzy. Pozostała część zajmowała obszar w 525 mórg. W 1923 majątek z dworem odziedziczył zięć Grześkowiaka – Jan Sierpowski.
W 1903 roku otwarta została linia kolejowa Gostyń-Krobia-Gostkowo przebiegająca przez Domachowo.
Dwudziestu mieszkańców Domachowa poległo na frontach I Wojny Światowej w latach 1914-1918, a ośmiu zostało rannych. Po wybuchu Powstania Wielkopolskiego w 1918 roku dołączyło do niego dwunastu Domachowian (trzech z nich miało zaledwie 16 lat).
Okres międzywojenny był czasem kiedy w Domachowie funkcjonowało wiele organizacji różnego typu. Istniało tutaj między innymi koło PSL „Piast”, BBWR oraz Towarzystwa Powstańcow i Wojaków (liczącego 32 członków), Związku Rezerwistów WP (88 członków z przewodniczącym Janem Preibiszem na czele). Funkcjonowało także Kółko Rolnicze liczące 88 członków, w 1927 jego prezesem był Jan Preibisz. Działało we wsi również Towarzystwo Robotników Polsko-Katolickich liczące 62 członków, kierował nim Franciszek Celka. Od 1936 roku działała we wsi Ochotnicza Straż Pożarna.
W sferze kulturalnej działalność prowadziło koło śpiewacze „Cecylia” (1922-1927) prowadzone przez Zygmunta Kokocińskiego (ówczesnego kierownika szkoły w Domachowie) oraz mistrza stolarskiego Stanisława Wiśniewskiego. W 1932 roku z inicjatywy Jana z Domachowa Bzdęgi powstało Kółko Regionalne przy którym zawiązał się Biskupiański Zespół Folklorystyczny „in crudo” z Domachowa i Okolic.
Okres II Wojny Światowej to czas, w którym wielu mieszkańców Domachowa zostało wysiedlonych ze swoich domów. Był to również czas, w którym Domachowski kościół był jedyną czynną świątynią na terenie kilku powiatów.
Ważniejsze daty od czasu zakończenia II Wojny Światowej:
- otwarcie poczty w Domachowie w 1951 roku
- budowa remizy OSP w 1955
- powstanie Koła Gospodyń Wiejskich w 1964
- reaktywacja Biskupiańskiego Zespołu z Domachowa i Okolic w 1972
- położenie nawierzchni asfaltowej w wiosce w 1985
- podłączenie do sieci wodociągowej w 1993 oraz gazowej i telefonicznej w 1995
- pierwszy Festiwal Tradycji i Folkloru w 2011 oraz otwarcie Biskupiańskiego Gościńca w 2012 roku.